Txema Marimón, Donostialdeko ESIko Mikrobiologia Zerbitzuko atalburua: «Oso ezohikoa da gizakiarentzako patogenoak diren bakterio espezie berriak aurkitzea»

Donostialdeko ESIko Mikrobiologia Zerbitzuak gizakiarentzako patogenoak diren bi bakterio berri aurkitu ditu. Bakterio berri hauek Nocardia generokoak dira eta Nocardia gipuzkoensis eta Nocardia barduliensis izenak jarri dizkiete. Ez da zerbitzu honek bakterio bat aurkitzen duen lehen aldia. 2016an, Nocardia donostiensis izeneko beste bat detektatu zuten. Aurkikuntza horiek Gipuzkoa eta Euskadi mikrobiologiaren munduko mapan kokatu dituzte berriro, eta diagnostiko zehatzagoa egiteko eta tratamendua optimizatzeko aukera emango dute. Txema Marimón Donostialdeko ESIko Mikrobiologia Zerbitzuko atalburuak bakterio horiek nola detektatu dituzten eta aurkikuntzak zer-nolako garrantzia duen azaldu digu.

 

Zer garrantzi du bi bakterio berri hauen aurkikuntzak?

Aurkikuntza garrantzitsua da arnas infekzioa zuten bi pazienterengandik isolatu direlako. Horri esker, batetik, infekzioa eragin duen agentearen diagnostiko zehatzagoa egin dezakegu, eta, bestetik, tratamendua hobeto optimiza daiteke, bakterio horiek antibiotikoekiko sentikortasun-patroi jakin batzuk izaten baitituzte.

 

Ez dira detektatzen dituzuen lehen bakterioak. Duela 4 urte Nocardia donostiensis aurkitu zenuten. Zergatik interesatzen zaizue Nocardia generoa?

Nocardia generoari diogun «mania» aspaldikoa da. Esan dezakegu Julian Larruskain doktorea iritsi zenean hasi zela, laborategiak bateratu zituenean, 1997an. Garai hartan bera zen arnas infekzioen diagnostikoaren arduraduna, eta Nocardia patogenoak nagusiak dira, baina ez arnas sistemakoak bakarrik. Larruskain doktoreak sekulako gaitasuna eta irmotasuna zuen jasotzen zituen arnas laginetan bakterio hori detektatzeko, diagnostikatzeko oso zaila baita. Garai hartan Mikrobiologiako zerbitzuburua zen Emilio Pérez Trallero doktoreak ere interes berezia zuen patogeno atipikoarekiko eta antibiotikoekiko haren erresistentzia-patroiekiko. Biek bultzatu gintuzten teknika molekular berriak aplikatzera, isolatzen ziren Nocardia generoko bakterioak espezie mailan identifikatzeko; izan ere, metodo «klasikoak» (fenotipikoak) erabiliz identifikatzea neketsua eta zaila da, eta akatsak egin daitezke. Teknika molekularrak erabiltzen hasi ginenean, ikusi genuen ospitaleko pazienteen Nocardia generoko espezie asko errazago eta hobeto identifikatzeko gai ginela.

 

Nola eta noiz susmatu zenuten bakterio berri bat aurkitu zenutela?

Espezieak identifikatzeko errutinaz erabiltzen diren geneen sekuentziak aztertzean agertu ziren lehen susmoak: espezie horiek ez zetozen bat nazioarteko datu-baseetan dauden eta ezagutzen diren espezieen sekuentziekin. Horrek ez du eraginik pazientearengan, tratamendu antibiotiko egokia jasotzen baitu, baina infekzioa eragiten duena zein Nocardia den sakonago ikertzeko atea irekitzen du. Orduan, gehiago sakondu genuen bakterio horien identifikazioan: haien genomaren hainbat eremutako sekuentzia genetiko gehiago aztertu genituen eta ohikoak baino konplexuagoak ziren beste ikerketa fenotipiko batzuk egin genituen. Horiei esker, ziurtasun handiagoz susmatu ahal izan genuen deskribatu gabeko espezieak zirela. Ondoren, mundu mailako Nocardia generoko zenbait adituren lankidetza bilatu genuen. Aditu horiek behin betiko beste identifikazio-teknika batzuk gauzatu zituzten (genoma osoaren hibridazioa…), diagnostiko klinikoko laborategien irismenetik kanpo daudenak, eta, horrekin guztiarekin, egiaztatu genuen bi bakterio espezie berri zirela.

 

Bakterio bat aurkitzea oso ezohikoa da, baina bi?

Hala da, oso ezohikoa da gizakiarentzat patogenoak diren bakterio espezie berriak aurkitzea. Nocardia barduliensis deiturikoa espezie berria ote zen jakiteko ikerketak egiten hasi ginenean, beste Nocardia bat detektatu genuen, espezie-mailan ere identifikatu ezin genuena, eta N. gipuzkoensis deitu dugun beste espezie berri bat zen. Esan dezagun denbora-kointzidentzia izan dela. Bi bakterio horien aurkitzaileak izan garenez, egokia iruditu zitzaigun Nocardia gipuzkoensis eta Nocardia barduliensis deitzea, Gipuzkoaren omenez (Bardulia lurraldearen antzinako izena da).

 

Zer berezitasun dituzte Nocardia gipuzkoensis eta Nocardia barduliensis delakoek?

Filogenetikoki, N. barduliensis espezieak N. asiatica espeziearen antz handiagoa du, eta N. gipuzkoensis espeziearen genomak N. abscessus espeziearen antz handiagoa du. Antibiotikoekiko erresistentziaren ikuspuntutik, N. gipuzkoensis amoxizilinaren eta azido klabulanikoaren arteko konbinazio antibiotikoarekiko erresistentea zen, eta N. barduliensis fluorokinolonekiko erresistentea.

 

Aurkikuntza horiek zertarako balio dute?

Klinikoki, espezieak identifikatzeak Nocardia generoak eragindako infekzioaren ezaugarriak hobeto ezagutzeko aukera ematen digu, eta baita gorputzeko hainbat ataletan infekzioa eragiteagatik dituen tropismoak ere. Tratamendu antibiotiko zuzenago batera ere bideratzen du, espezie horretan oso lotura handia izaten baita espeziearen eta antibiotikoekiko sentikortasun-patroien artean. Ikuspegi epidemiologikotik ere garrantzitsua da, infekzioa eragiten duten Nocardia generoko espezieen prebalentzia zein den jakiteko eremu geografiko desberdinetan.

 

Euskadiko eta munduko beste leku batzuetako ikertzaileek hartu dute parte bakterioaren aurkikuntzan. Nolakoa izan da lan-metodologia?

Prozesu luzea eta korapilatsua izan da, nekeza, eta Donostiako Unibertsitate Ospitaleko, Biodonostia Osasun Ikerketa Institutuko eta UPV/EHUko mikrobiologoek gauzatu dute, Alemaniako (Leibniz Institute DSMZ), Ingalaterrako (Newcastleko Unibertsitatea) eta Txileko (Antofagastako Unibertsitatea) ikertzaileekin elkarlanean. Espezie berria izan zitekeela susmatu zuen lehenengo pertsona Donostiako Unibertsitate Ospitaleko Mikrobiologia Zerbitzuko María Ercibengoa ikertzailea izan zen. Bi kasuetan, arnas infekzioak zituzten Gipuzkoako pazienteen bakterio isolatuak ziren. Gero lan itzela etorri zen: ehunka mezu joan-etorrian inplikatutako erakundeen artean, behin eta berriz analisia errepikatzea, artikulu zientifikoaren bertsio asko… baina, azkenean, bi espezie berriak argi eta garbi frogatuta geratu dira, eta lana Microorganisms aldizkari zientifikoan1 argitaratu da.

  1. Genomic virulence features of two novel species Nocardia barduliensissp. nov. and Nocardia gipuzkoensissp. nov., isolated from patients with chronic pulmonary diseases. Nouioui I, Cortés-Albayay C, Neumann-Schaal M, Vicente D, Cilla G, Klenk HP, Marimón JM, Ercibengoa M.Microorganisms. 2020 Oct 1;8(10):1517. doi: 10.3390.

 

Zer motatako pazienteei eragiten diete bakterio berri horiek eta zer gaixotasun eragiten dituzte?

Nocardia espezie berriak arnas infekzioa zuten bi pazienterengandik isolatu ziren. Biek zuten biriketako gaixotasun buxatzaile kronikoa (BGBK), Nocardia generoak eragindako infekzioen ezaugarri orokorra, oinarrizko arnas gaixotasuna duten pazienteei edo immunodeprimituei eragiten baitiete.

 

Zer garrantzi dute teknika molekularrek bakterio berri horiek detektatzeko?

Teknika molekularren laguntzarik gabe, ezingo genukeen pentsatu ere egin bi espezie berri zirenik. Bakterio genero honetan, espezieak identifikatzea nahiko zaila da teknika fenotipiko klasikoekin. Teknika molekularrek identifikazio askoz zehatzagoak egiteko aukera ematen digute, ez bakarrik Nocardia generoko espezieentzat, baita beste espezie bakteriano askorentzat ere.

 

Aurkitu ondoren, bakterio bat espezie berri gisa aitortzeko, zer urrats jarraitu behar dira?

Behin deskribatuta, espezietzat hartzen dira. Hurrengo urratsa orain arte bezala jarraitzea da, diagnostikorik onenak bilatzea eta are gehiago hobetzea teknika berriekin, hala nola bakterioen isolamenduen genomaren mapa osoa egiteko aukera emango duten sekuentziazio masiboekin. Horri esker, identifikazio hobeak ez ezik, pazienteen infekzioak eragiten dituzten bakterioek ezaugarri hauek dituzten ere aztertu ahal izango da: birulentzia-faktore espezifikoak, antibiotikoekiko erresistentzia-faktoreak…

 

Mikrobiologia Zerbitzuak protagonismo handia hartu du pandemia garaian; pentsatzen dut horrelako aurkikuntzak bultzada bat direla zuen lanerako.

Bai, pandemiak agerian utzi du mikrobiologiak duen garrantzia, ez bakarrik maila sozialean, baita esparru mediko batzuetan ere, eta argi utzi du espezialitate mediko guztiak direla garrantzitsuak. Nolanahi ere, bi Nocardia generoko espezie berriak identifikatzeko lan hau pandemia baino lehenagokoa da, eta Mikrobiologia Zerbitzuko pertsona askoren ahaleginari eta laguntzari esker lortu da. Uste dut ona dela Mikrobiologia Zerbitzua ezagutzea, ez bakarrik pandemian zehar egiten ari garen lan handiagatik, baita egunez egun egiten ditugun beste jarduera batzuengatik ere. Jarduera horiek isilean egiten ditugu, baina oso onuragarriak dira pazienteen kudeaketarako.